Fue fundado el 3 de enero de 1915 por un grupo de vecinos que tenían como anhelo formar una institución en la cual toda la comunidad de la zona pueda practicar deportes. El Club Atlético Lanús surgió de la fusión del Club Del Progreso, lugar donde se realizó la asamblea para crear la institución, y del Lanús United, quien ya participaba en las divisiones intermedias pero estaba pasando por serios problemas económicos.
En el acta fundacional figuran como representantes de esa asamblea Juan Rasetto, Iribarren, V. Damonte, F. Galarza, Silvio M. Peri, A. Echevers, los hermanos Giardulli, A. Freites, E. Tellegorri, M. Ferrario, C. Laborie, Carlos H. Pointis, P. Míguez, M. Iguzquiza, L. Aríloz, D. Villar, J. Jhonson, B. Gazcón, P. Dacrema, J. Messeguer, L. Sudrez, J. A. García, R. Castañy y Miguel Usaray, quien fue el primer presidente.
Carlos Pointis fue el diseñador del escudo de la instituciones y diferentes versiones indican que también es el que eligió los colores granates para la vestimenta, cuyas camisetas las trajo de un viaje que realizó a Europa. Hay otra que indican que la elección de los colores se debe a que varios integrantes de la asamblea fundacional eran de la ciudad española de Pontevedra en cuyo escudo predomina ese color y una tercera, la oficial por el club, que hace alusión a que en primera instancia el color fue el bordó y años después se eligió el actual.
En lo futbolístico, comienza a participar en el torne de segunda división de 1915 y en 1919 consigue ascender a Primera División luego de derrotar a Argentino de Quilmes. En 1931 es uno de los equipos que participa en el primer campeonato profesional de la Argentina aunque sin cumplir buenas campañas en los primeros torneos. En 1934 la AFA decide disminuir la cantidad de conjuntos participantes y se fusiona con Talleres de Remedios de Escalada la cual iba a durar solo ese año.
En 1949 se produce el primer descenso aunque sucedió por un fallo injusto. Tras empatar la última posición con Huracán tienen que jugar un desempate. En el primer encuentro vence el conjunto de Parque Patricios por 1 a 0, en el segundo partido gana la formación del sur por 4 a 1 mientras que en el tercer enfrentamiento, cuando estaban igualados en tres tantos, el juez cobra un penal favorable al “granate” el cual fue muy protestado por los jugadores rival y, en señal de protesta, se retiraron del campo de juego sin finalizar las acciones. Esto tendría que haber hecho que Lanús recibiera los puntos por no fue así ya que la AFA dio por finalizado el partido, dispuso una cuarta confrontación  en la que el “globo” pudo mantener la categoría tras derrotar por 3 a 2 con otro hecho curioso y similar al anterior. Luego que el árbitro cobrara un dudoso penal favorable a Huracán, los jugadores de Lanús se retiraron del campo en alusión a la protesta pero en esta oportunidad la AFA no hizo lo mismo, no se jugó un quinto encuentro decretando de esta manera el descenso de la institución a Primera B.
Solamente está un año en el ascenso ya que en 1950 obtiene el campeonato de la B. En 1956 aparece el primer gran equipo al que apodaron "Los Globetrotters", el cual era liderado por Juan Héctor Guido, debido al futbol vistoso que realizaban sus jugadores.
En 1961 vuelve a perder por segunda vez la categoría luego de caer ante Estudiantes (La Plata) y en 1964 regresa otra vez a la elite del fútbol argentino con otro gran equipo al que apodaron “Los Albañiles” y en el cual se destacaban Silva y Acosta
En 1970 otra vez desciende a Primera B, esta un solo año ya que regresa en 1971 a Primera pero en 1972 vuelve a caer nuevamente en el ascenso. En 1976 regresa otra vez a la máxima categoría y en 1977 se consuma otro descenso también de forma injusta ya que define su lugar en Primera en una recordada definición por penales ante Platense en la cual cada equipo ejecutó 10 remates desde los 12 pasos. Cuando restaba que ejecuten los arqueros de cada equipo, lo hace el de Lanús y magra el tiro mientras que en el equipo de Vicente López remata un delantero que ya había participado de la definición. El juez convalida la acción, el club reclamaría ante la AFA, al entidad no dio lugar al reclamo y finalmente fue a juicio.
En 1978 se vive la peor crisis institucional de la historia debido a que la floja campaña en la B hace que el equipo descienda a Primera C, la tercera categoría del fútbol argentino, en la cual está dos años ya que en 1981 sale campeón y regresa a Primera B.
En 1986 comienza a jugar en el nuevo Nacional B y en 1990, con Miguel Russo como entrenador, regresa a la máxima categoría luego de derrotar en la final por penales a Quilmes. En 1991 desciende  otra vez mas u un años después regresa otra vez a la A ganando en su estadio ante Deportivo Maipú de Mendoza.
A partir de la temporada 1993/1994 comienza la mejor etapa de la institución de la historia. Ese año, tras una muy buena campaña, disputa por primera vez un torneo internacional, la Copa Conmebol en la cual queda eliminado en octavos de final ante San Lorenzo. Pero en 1996 tendría la revancha ya que la obtiene al ganarle la final a Independiente Santa Fe de Colombia. En 1997 sale subcampeón de la misma competencia luego de caer en la final ante Atlético Mineiro de Brasil.
Luego vienen años donde el nivel futbolístico cayó lo que desencadena que en la Temporada 2001/2002 deba disputar una promoción para mantener la categoría y en la cual sale airoso venciendo en la serie a Huracán de Tres Arroyos.
El crecimiento institucional no se detuvo y eso impactó en lo futbolístico para que el equipo vuelva a los primeros planos. El gran trabajo dirigencial se vio reflejado en el Apertura 2007 cuando Lanús consiguió lo mas importante de su historia, su primer título en Primera División nada menos que en la Bombonera venciendo por 2 a 1 a Boca