El club Banfield fue fundado el 21 de enero de 1896 por un grupo de comerciantes británicos que habitaban en la zona, que llevaba el nombre de la estación de tren en honor a Edward Banfield, primer gerente de la empresa Gran Ferrocarril Sur.
Daniel Kingsland y George Burton fueron parte del grupo de personas que fundaron la institución y luego se convertirían en el primer presidente y vicepresidente respectivamente. El rol del club en sus inicios era más social que deportivo y su primera incursión en este último rubro ocurrió el 26 de enero de ese año en un encuentro de cricket, deporte favorito del presidente.
La primera cancha se ubicó en un descampado que se situaba a dos cuadras de la estación del ferrocarril. El fútbol era un deporte secundario ya que sus dirigentes no eran amantes del mismo hasta que en 1899 asume Alfred Goode la presidencia y decide impulsar al club en ese deporte. Es así como ese mismo año se disputa el primer torneo de Segunda División en Argentina y Banfield consigue ganarlo, aventajando por un punto al English High School, lo que convierte a la institución en el único campeón del siglo 19 de las que militan actualmente en torneos de AFA.
En los años posteriores, Banfield debió superar quiebras y reestructuraciones que lo llevaron a tener que jugar el Torneo de Tercera División en 1908, el cual lo ganó sin inconvenientes, base que en 1910 disputara una de las semifinales por el ascenso a Primera División ante Racing empatando 0 a 0 el primer partido y perdiendo la vuelta por 1 a 0, a treinta segundos del final . En 1912 logra por primera vez jugar en Primera División, tras una reestructuración, categoría que pierde en 1917 y retoma nuevamente en 1919.
El campeonato de 1920 fue su primera gran participación en el fútbol grande ya que termina subcampeón, detrás de Boca Juniors. En 1921 continúan los logros al obtener la Copa de Honor tras vencer por 2 a 1 a Boca lo que hace que sea actualmente el único título obtenido por la institución en el fútbol de alta competencia.
En 1931, cuando comenzó el profesionalismo, el club fue invitado a participar de la reorganización pero sus dirigentes, creyendo más en el deporte amateur, desistieron de la oferta. Recién en 1935 cuando se funda la Asociación del Fútbol Argentino, Banfield entra en la competencia profesional participando en la Segunda División. En ese entonces las campañas realizadas eran muy flojas, la crisis institucional avanzaba (tenía menos de 300 socios) y en 1938 sale último en las posiciones perdierondo la categoría. Ese mismo año aparece en escena Florencio Sola quien asume la presidencia, consigue que el club no pierda la categoría por la desafiliación de Estudiantil Porteño, arma un equipo competitivo y asciende en un año a Primera División.
En 1940, sorprende en la división grande haciendo la mejor campaña de un equipo recién ascendido hasta ese momento por lo que le valió el apodo de el "Taladro" puesto por el diario "El Pampero". Finalmente en 1944, Florencio Sola fue inhabilitado de por vida para presidir la institución luego que se le comprobaran tres intentos de sobornos, aunque por estos hechos la institución no recibió ninguna sanción, exceptuando 1941 donde le quitaron 16 puntos y en gran reacción sobre el final logró salvarse del descenso.
Los años siguientes fueron de nuevas crisis institucionales, descensos y ascensos hasta que en 1948 la AFA le levanta la sanción a Florencio Sola y vuelve a la presidencia. El 1951 realiza la primera gran campaña en el profesionalismo ya que terminó primero en la tabla junto a Racing pero, a pesar de terminar con más goles y más partidos ganados, debió jugar un desempate para determinar el campeón. Los partidos se disputaron en la cancha de San Lorenzo terminando el primero sin goles y el segundo con el equipo de Avellaneda ganando por 1 a 0. En 1955, luego de varios años, Florencio Sola decidió no seguir en la presidencia por lo que se realizaron las primeras elecciones en la historia de la institución para determinar a los nuevos dirigentes.
Las campañas volvieron a ser discretas y los problemas institucionales volvieron a aparecer pero en 1958 un grupo de socios impulsaron a Valentín Suárez quien pudo cambiar mucho la situación y cumplir con su objetivo en 1962, cuando logra otro ascenso a Primera División. Desde 1963 a 1978, logra una permanencia importante en la máxima categoría, exceptuando 1973, descendiendo en 1978 nuevamente a Primera B.
Desde 1979 hasta 1993 siempre estuvo en divisiones de ascenso menos en el año 1987 donde consigue ganar el octogonal por el segundo ascenso y clasificar para la liguilla Pre Libertadores donde consigue ganarle a Independiente. La base del equipo se desarmó por completo y luego de un año volvió a descender. En 1993, con la dirección técnica de Carlos Babington, logra un nuevo ascenso de categoría, tras ganarle en una recordada final a Colón, pero en 1997 vuelve a la segunda división.
En la temporada 2000/2001 se instala definitivamente en la mayor categoría del fútbol argentino. Desde ese año hasta la actualidad el progreso institucional ha sido notable, donde se pudo reducir considerablemente la deuda que tenía, y futbolísticamente consiguió la clasificación para disputar Copas Internacionales. Su primera participación fue en la Copa Sudamericana 2004, donde quedó eliminado en la etapa preliminar, y posteriormente jugó las copas Copa Libertadores 2005 y 2007.
El jugador que más partidos jugó en Primera División fue Javier Sanguinetti (1993/97 y 2001/04) con 485 encuentros mientras que Gustavo Albella el máximo goleador que entre 1945/51 y 1954 marcó 71 tantos. El mejor resultado en la división grande fue un 13 a 1 a Puerto Comercial de Bahía Blanca, por el Nacional 1974, lo que es el más amplio del profesionalismo en la Argentina.