Semifinales - Partido en juego Partido terminado

Partido de Ida

Equipos	Resultados	Equipos
Martes 17 de Marzo de 2009
Puerto Rico Islanders (Puerto Rico)	2-0	Cruz Azul (México)
5m. Hansen 37m. Addlery	17-03-2009
Miércoles 18 de Marzo de 2009
Santos Laguna (México)	2-1	Atlante (México)
6m. y 73m. Quintero	18-03-2009	34m. G. Pereyra

Partido de Vuelta

Equipos	Resultados	Equipos
Martes 07 de Abril de 2009
Cruz Azul (México)	3-1	Puerto Rico Islanders (Puerto Rico)
44m. Zeballos 83m. Orozco 99m. Villaluz	07-04-2009	91m. Ghandi
Observaciones: Cruz Azul clasificó a la final tras vencer 4-2 en penales.
Miércoles 08 de Abril de 2009
Atlante (México)	3-1	Santos Laguna (México)
41m. y 90m. (+3) (p) Rafael Márquez 73m. Maldonado	08-04-2009	67m. Vuoso
Observaciones: Atlante es finalista